とある大陸の、とある時代。 大陸を南北に分断した大戦は終結し、世の中は平和へ向かう気運に満ちていた。

戦時中、軍人として戦ったヴァイオレット・エヴァーガーデンは、軍を離れ大きな港町へ来ていた。 戦場で大切な人から別れ際に告げられた「ある言葉」を胸に抱えたまま――。

世に災いをもたらす「クロウカード」を集め、魔法の力で自分のカードに変えたさくらは、桜満開の４月、中学１年生に進級した。

そこで香港に帰国していた小狼と再会し、一緒に学校へ通えることを喜び合ったのもつかの間、ある夜、集めたカードに異変が…！

4月。高校2年生のアラトは、友人のリョウやケンゴと穏やかで平凡な日常を過ごしていた。

その夜までは。買い物帰りの路上、怪現象によって暴走したhIEに襲われるアラト。窮地から救ってくれたのは、レイシアと名乗る美しいhIEだった。

彼らは夢を見る。 いつの日か大空へはばたく夢を。 ガラスによって遮られたその空が、どれだけ遠いものだと知っていても。 遠い未来。 人類は荒廃した大地に、移動要塞都市“プランテーション”を建設し文明を謳歌していた。

その中に作られたパイロット居住施設“ミストルティン”、通称“鳥かご”。 コドモたちは、そこで暮らしている。 外の世界を知らず。 自由な空を知らず。 教えられた使命は、ただ、戦うことだけだった。